航海系教育目標明確：「培養現代商船一等航行員航行員」之專業人才。但基於社會要求不同，設定不同學制招收教育學生，課程內容、設定結果、規劃方向各有差異（主要在於：修習學期數、船員訓練課程、海勤實習一年等。

(1)   二專僅4學期，無法完整甲級船員進階訓練與海勤實習一年，須待畢業後自行參加船訓與補海勤資歷。

(2)   學士後學程3學期，可免通識必修，船訓與海勤實習亦如二專學制。

(3)   四技學制完整教育訓練課程與證照，可達到畢業即就業之期待。