本校（前身為中國海事商業專科學校）為拓展國家航運事業，培植優秀航海人才，於民國54年秋籌備成立中國海事專科學校，設五年制航海科，主要的教育目標在培養我國現代商船一等航行員。事實上，本系發展受國內外整體經濟與航運事業的興衰影響頗大。自民國55年3月招收第一屆航海科學生兩班98人起，期間歷經起伏，迄110學年度第2學期發展為254位學生規模。發展概況如下：

l60學年度，因航運事業的蓬勃發展，亟需航海專業人才而增為三班。

l74學年度，社會經濟型態改變，本科減班招收兩班。

l79學年度，再度減班僅招收單班。

l85學年度，首度招收女生，實施男女兼收。

l87學年度，更名為中國海事商業專科學校。

l88學年度，停招五專改招收日間部二專部一班及夜間部一班。

l96學年度，本校改制升格為技術學院，配合學校政策增收五年制專科日間部一班。

l97學年度，增設日間部二年制技術系一班，並保留日間部二年制專科與夜間部二年制專科各一班，但停招五年制專科日間部。

l99學年度，因應社會與航運界之人才需求，增設大學畢業生就讀之學士後學程一班，擴大有志航海的青年就讀航海系科的管道。

l100學年度，增設四年制航海系一班。該年本系規模達到：五專一班、四技一班二技二班、二專(日)二班、二專(夜)二班、學士後學程一班，合計九班。

l101學年度，考量教學能量與品質，暫停招四年制技術系與夜間部二年制專科。該年本系規模為：四技一班、二技二班、二專(日)二班、二專(夜)一班、學士後學程一班，合計有七班。

l102學年度，基於航海教育的完整性，停招二年制技術系，復招四年制技術系。該年本系規模為：四技二班、二技一班、二專(日)二班、學士後學程一班，合計有6班。

l104學年度，本系將穩定於四技二專的學制、以及為有志航海之大學畢業生的學士後學程班，合計8班。

l110學年度，各學制共有11班。