各學制課程規劃差異：

航海系教育目標明確：「培養現代商船一等航行員航行員」之專業人才。但基於社會要求不同，設定不同學制招收教育學生，課程內容、設定結果、規劃方向各有差異（主要在於：修習學期數、船員訓練課程、海勤實習一年等。）

1.二專僅4學期，無法完整甲級船員進階訓練與海勤實習一年，須待畢業後自行參加船訓與補海勤資歷。

2.學士後學程3學期，可免通識必修，船訓與海勤實習亦如二專學制。

3.四技學制完整教育訓練課程與證照，可達到畢業即就業之期待。

課程規劃係參照IMO Model Course 7.03規範，使符合國際公約規章之要求。課程安排使學生修畢學分後，符合交通部航海人員一等航行員測驗資格，並兼顧產業需求、系本位課程以及學生專業能力、實用能力及職場競爭力進行安排，在實際運作上，課程由系課程委員會規劃，並諮詢產官學界之專家學者意見以修正課程規劃。鼓勵教師參與校內外教學研習，並藉由每學期教師教學評量，協助教師發現問題于以改進並成長。在課程規劃方面，依照航海系發展目標及國際公約規範制訂本位課程。

航海系之課程係依據本系之五年發展計畫，透過本位課程發展機制，參考產業界之人才需求，每年進行檢討並視需要調整。為切合產業需求，本系定期與產業界保持互動，並邀請產業界人士加入本系課程委員會，共同設計課程，使學生專業能力更符合產業界需求。

本系以培養商船一等航行員為品質目標，以三實政策即「教學品質落實」、「行政迅速確實」及「訓練安全務實」為品質政策，加強學生實務操作及外語能力為導向，以符合國際公約之最低適任標準及進入職場之需求，因此本位課程的設計，以海勤工作領域之「商船一等航行員」及岸勤工作領域之「航運事業人員」為模組。另一方面落實建教合作、加強學生實際操作能力以參與業界之實務，讓產學之間應建立無縫的接合，並提供學生就業的機會。